菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在99%以上就可以认为是同一个种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。

菌种鉴定的鉴定方式

1、常规鉴定

常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。

2、自动鉴定

BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。

3、分子生物鉴定

应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系，是微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。

4、API细菌鉴定

API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种生化反应，已可鉴定超过600种的细菌。鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参比，得出鉴定结果。 CICC可应用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢杆菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进行鉴定。

菌种鉴定方法

1、生化鉴定

这种方法通过细菌对营养物质分解能力的不同及其代谢产物的差异来鉴定细菌。具体的实验可能包括蛋白质分解产物实验、酶触实验、酮酸分解产物实验等。

2、分子生物学检测

这种方法适用于那些难以在传统的人工培养基上生长或在生长过程中表现出慢速和困难条件的细菌。它涉及使用核酸杂交、生物芯片和基因测序等技术来确定细菌的种类。

3、免疫学鉴定

利用抗体与微生物表面抗原的特异性结合来鉴定菌种，常见的方法包括免疫荧光、ELISA等。

4、血清鉴定

这种方法是针对含有较多血清型的细菌，通常使用玻片凝集试验或其他敏感的技术，如免疫荧光法、协同凝集实验、间接血凝试验等，来检测样本中致病菌的特异性抗原。

5、分子生物学鉴定

通过分析菌株的基因序列来确定其种类，常用的方法包括PCR扩增、测序和序列比对等。

菌种鉴定检测标准举例

1、DB36/T 1799-2023 茶树菇菌种鉴定技术规程

2、T/CECS 10299-2023 环保用微生物菌剂的菌种鉴定规则

3、GB/T 29888-2013 分枝杆菌菌种鉴定基因芯片检测基本要求

4、DB32/T 2109-2012 食用菌品种鉴定技术规范

5、DB43/T 2702-2023 桑黄菌种质量鉴定技术规程

6、DB22/T 2801-2017 食药用菌菌种检验鉴定技术规范

7、DB22/T 2083-2014 食用菌菌种真实性鉴定 RAMP法

8、DB2308/T 124-2022 稻瘟病菌生理小种鉴定技术规程

菌种鉴定检测时间周期

到样后7-10个工作日（可加急），根据样品及其检测项目/方法会有所变动，具体需咨询工程师。

菌种鉴定检测流程

1、沟通需求（在线或电话咨询）；

2、寄样（邮寄样品支持上门取样)；

3、报价（根据检测的复杂程度进行报价）；

4、签约（签订合同和保密协议）；

5、完成检测（检测周期会根据样品及其检测项目/方法会有所变动，出具检测报告，售后服务）。

北京清析技术研究院提供分析、检测、测试、鉴定、研发等技术服务，已获得CMA、CNAS等资质证书。总院位于北京，在上海、广州、深圳、合肥、南京、成都、武汉等地区设立27家分院，工程师一对一咨询，寄样或上门任您选择，为您提供便利的检测服务。